faune

2016 – 2019

Grand rhinolophe et Trame verte bocagère : étude des facteurs environnementaux influant sur la dynamique des populations

1.     Présentation du projet, du contexte et des objectifs

Le Grand rhinolophe Rhinolophus ferrumequinum est une des espèces anthropophiles les plus menacées mais aussi une des plus étudiées dans le monde (Flanders & Jones, 2009). Présent à travers tout le paléarctique, de l’Atlantique au Pacifique, et bien que classé par l’UICN dans la catégorie « Préoccupation mineure » au niveau mondial (UICN, 2008), ses populations sont en déclin prononcé dans de nombreux pays (Arthur & Lemaire, 2009). En Europe, sa situation est préoccupante, tout du moins au nord de son aire de répartition (Arthur & Lemaire, 2009). Le Grand rhinolophe est par exemple aujourd’hui considéré comme presque éteint dans une grande partie de la Belgique (moins de 200 individus), du Luxembourg (moins de 300 individus) (Arthur & Lemaire, 2009) et de l’Allemagne septentrionale (Aulagnier et al., 2010). Il figure ainsi aux annexes II et IV de la directive « Habitat-Faune-Flore » de 1992 et est classé « Quasi-menacée » selon les Listes rouges des mammifères menacés en Europe comme en France (UICN France et al., 2009).

Les effectifs de cette espèce en France se sont dramatiquement réduits au cours du XX^ème siècle, surtout au nord, mais aussi dans le centre de la France (Godineau & Pain, 2007), atteignant même le seuil d’extinction en Alsace. En revanche, l’ouest de la France (Bretagne, Pays de la Loire, Poitou-Charentes, Centre, Aquitaine) regroupe 46 % des effectifs hivernaux et 37 % des effectifs estivaux (SFEPM, 2014).

Le Poitou-Charentes accueille la 4^ème population hibernante de Grand Rhinolophe en France avec environ 7 000 individus, et la 10^ème population estivale avec environ 2 000 individus (SFEPM, 2014).

La région porte ainsi une responsabilité particulière quant à sa conservation à l’échelle nationale.

En hiver, l’espèce fréquente essentiellement les cavités souterraines, naturelles (grottes, gouffres, etc.) ou artificielles (anciennes carrières d’extraction de matériaux, caves, etc.). Ces sites d’hibernation, dont certains sont suivis depuis 30 ans, sont aujourd’hui relativement bien connus et les effectifs de Grand rhinolophe hibernants peuvent être considérés comme relativement bien estimés les années où l’ensemble des sites peuvent être comptés simultanément. A contrario, durant la période d’activité, l’espèce est anthropophile et utilise en ce sens les gîtes procurés par le patrimoine bâti (vastes combles, greniers, etc.) pour établir en été ses colonies de parturition (mise bas). A ce jour, seuls 38 gîtes de parturition sont connus dans la région, principalement dans les Deux-Sèvres (21 sites). Malgré l’aspect favorable de nombreux autres secteurs géographiques sur l’ensemble des départements de Poitou-Charentes, il est difficile, à ce jour, d’expliquer le faible nombre de colonies de parturition connues. Les Deux-Sèvres n’abritant que peu de cavités souterraines, les effectifs de Grand rhinolophe hibernants dans le département comptent moins de 400 individus répartis dans 7 sites, dont seuls 3 dépassent les 80 individus. Il apparaît donc évident que l’essentiel des effectifs qui composent les colonies de parturition de ce département hibernent dans les départements et régions limitrophes (Maine-et-Loire, Vendée, Vienne, Charente, Charente-Maritime) et peut être au-delà.

Le déséquilibre existant entre effectif hivernal et estival traduit ainsi les importantes lacunes qui subsistent quant aux connaissances sur la répartition de l’espèce au printemps et en été ainsi que sur les modalités de déplacement (corridors utilisés, phénologie, échanges entre populations, etc.). Ce déséquilibre entre les effectifs hibernants et estivants en Poitou-Charentes est également constaté dans les régions voisines (Pays-de-la-Loire, Centre, Limousin, Aquitaine), avec les mêmes proportions (moitié moins d’individus connus en été par rapport aux effectifs en hiver). Les difficultés de prospection du bâti public et privé (autorisation d’accès, contact avec les particuliers, etc.), sont une des raisons expliquant les lacunes constatées.

Ainsi, de nombreuses inconnues subsistent sur le fonctionnement des populations à l’échelle régionale voire inter-régionale, induisant potentiellement d’importants risques à long terme sur la conservation d’une des plus importantes populations de Grand rhinolophe française.

Les questions restant en suspens sont notamment : comment fonctionnent les populations et quel est leur état sanitaire ? (Quels échanges entre les différents sites pour la reproduction et l’hibernation, quels corridors sont utilisés, quels sont les impacts des ruptures (ou absence) de continuités écologiques, ceux des milieux utilisés pour la recherche alimentaire, ceux des intrants agricoles, etc.).

En effet, du fait de son vol relativement lent et papillonnant et de la faible puissance de ses émissions ultrasonores, l’espèce est dépendante des éléments paysagers linéaires tels que les haies ou lisières lors de ses déplacements (Gremillet, 1999). Elle recherche ainsi des paysages semi-ouverts bocagers, à forte diversité d’habitats, formés de boisements de feuillus, d’herbages pâturés en lisière de bois ou bordés de haies, mais également les landes, friches, vergers pâturés et jardins (Flanders & Jones, 2009). Elle pratique aussi bien la chasse active à la recherche de Lépidoptères hétérocères et de Diptères, que la chasse à l’affût, suspendue à une branche à la recherche de Coléoptères coprophages (Bensettiti & Gaudillat, 2002). L’espèce apparaît ainsi fortement liée aux agrosystèmes de polyculture-élevage. Lucifuges, les Grands rhinolophes restent également éloignés des zones urbaines ou routes éclairées (Arthur & Lemaire, 2009). Pour ces raisons, l’espèce est ainsi potentiellement fortement impactée par les produits phytosanitaires utilisés dans l’agriculture et notamment les traitements antiparasitaires administrés aux animaux d’élevage.

Tous ces facteurs influent directement sur la reproduction, la dispersion, la survie des individus et le maintien des populations de Grand rhinolophe en Poitou-Charentes. Il est aujourd’hui essentiel d’améliorer nos connaissances sur les réseaux de gîtes utilisés (hivernaux comme estivaux), à l’échelle régionale et inter-régionale, et de réaliser un état zéro de l’état sanitaire des populations.

Pour tenter d’apporter les premiers éléments de réponses à ces nombreuses questions qui subsistent sur le fonctionnement des populations à l’échelle régionale voire inter-régionale, il est prévu de :

• Réaliser des phases d’échantillonnages pour effectuer des analyses génétiques (à partir de prélèvements de patagium) afin de mieux identifier et localiser les différentes populations présentes sur le territoire ;
• Marquer certains individus à l’aide de transpondeurs afin d’affiner la connaissance sur les échanges, notamment entres les sites hivernaux et de parturitions ;
• Réaliser des analyses écotoxicologiques à partir de prélèvements sanguins en ciblant les familles de polluants présentant des risques potentiellement importants pour cette espèce.

Au cours des trois années du projet, il est prévu d’échantillonner les sites majeurs accueillant les Grands rhinolophes dans la région (colonies de parturition, sites d’hibernation, sites de transit). Concernant les colonies de parturition, les captures seront réalisées en dehors de la période de dépendance des juvéniles (à adapter en fonction de la phénologie des espèces visées et des conditions météorologiques annuelles pouvant avoir un impact sur la période de mise-bas). De même, la fin de période de gestation sera proscrite.

Sur ces sites majeurs seront réalisés l’ensemble des prélèvements biologiques, patagium et sang, nécessaire aux analyses génétiques et écotoxicologiques. Concernant les échanges inter-populationnels et saisonniers, une partie des individus capturés seront également marqués par transpondeurs. En effet, les Rhinolophes étant des espèces extrêmement sensibles au baguage et la technologie GPS n’étant pas suffisamment miniaturisée pour les microchiroptères, il est prévu de marquer les individus par le biais de puces électroniques de type vétérinaires implantées sous la peau. Cette technique, sans risque pour la santé des animaux, suppose un effort de contrôle important par la suite. Ces contrôles seront opérés tout au long de l’année à l’aide d’un détecteur à main lors des comptages menés en période hivernale, puis à l’aide de portiques automatiques qui seront installés aux entrées des gîtes de parturition et de transit.

Comme présenté précédemment, de par ses particularités biologiques et ses exigences écologiques, l’espèce apparaît assez logiquement comme un excellent indicateur de la trame verte bocagère constitutive du réseau « Trame Verte et Bleue » (TVB), mais également comme un indicateur de la qualité du milieu, clef d’entrée essentielle auprès du monde agricole avec lequel des actions de sensibilisations seront menées dans le cadre de ce programme.

Si, comme nous le supposons, il existe d’importants échanges au sein des populations de la région mais aussi à l’échelle inter-régionale, il est essentiel de caractériser les corridors utilisés et de les conserver. Des travaux de modélisation spatiale de l’occupation du territoire par le Grand rhinolophe ont déjà été réalisés en Deux-Sèvres (Pinaud & Le Guen, 2015) et à l’échelle régionale (Aubouin, 2013). Mais l’hétérogénéité des données cartographiques disponibles à l’échelle régionale (notamment le niveau de détail de la BD Topo de l’IGN) et le trop faible nombre de colonies de parturition connues ne permettent pas aujourd’hui d’exploiter de façon robuste ces résultats. 

L’amélioration des connaissances sur la répartition du Grand rhinolophe en Poitou-Charentes, la caractérisation des populations présentes, leurs échanges et leur état sanitaire constituent la priorité absolue quant à la conservation de l’espèce. Ce programme se veut également être un support pour les régions limitrophes, notamment l’Aquitaine pour qui la conservation de l’espèce est aussi une priorité (2^ème population hibernante de France et 5^ème population estivale).

C’est fort de l’expérience du programme mené sur les chauves-souris anthropophiles (2013-2015), et notamment des différentes techniques de prospection mises en œuvre (porte à porte, capture et télémétrie, écoutes ultrasonores, etc.), mais aussi de l’importante dynamique initiée auprès du grand public et des partenaires institutionnels (animation du Plan Régional d’Actions en faveur des Chiroptères, sorties, conférences, articles de presse, émissions de radio, animation de l’opération « Refuge pour les chauves-souris », etc.), que le Groupe Chiroptères de Poitou-Charentes Nature propose ce nouveau contrat d’objectif régional.

Un tel projet vise également à répondre aux exigences du Plan Régional d’Actions en faveur des Chiroptères (déclinaison régionale du Plan d’Action National), puisqu’il concerne 6 fiches actions du Plan :

• « Prospecter les bâtiments » – Priorité 2 ;
• « Valoriser la présence de Chauves-souris dans les bâtiments » – Priorité 3 ;
• « Suivre les principales colonies de mise-bas » – Priorité 1 ;
• « Rechercher de nouvelles colonies de mise-bas » – Priorité 1 ;
• « Sensibiliser le monde agricole aux chauves-souris et le mobiliser pour leur préservation » – Priorité 2 ;
• « Maintenir et développer le réseau SOS Chauves-souris » – Priorité 1 ;
  

NOTA : L’ensemble des analyses génétiques et écotoxicologiques, ainsi que la pose de transpondeurs se réalisera en partenariat étroit avec l’Université de Lyon 1 Claude Bernard qui porte actuellement un projet national sur les Chiroptères cavernicoles (projet Ecofect).

OBJECTIFS :

Connaissances des populations :

• Recherche et localisation des colonies de mise bas ;
• Etat des lieux des effectifs hivernants et tendances évolutives ;
• Caractérisation des populations (identification des noyaux de population par prélèvements génétiques) ;
• Etat sanitaire des populations (analyses écotoxicologiques).

Conservation des réseaux de gîtes et des connexions :

• Identifier les connexions, les zones de fragmentation et les points noirs ;
• Caractériser les échanges inter-sites (transpondage) ;
• Initier un partenariat avec la profession agricole (Chambre régionale et chambres départementales d’agriculture, réseau InPACT) ;
• Poursuivre le partenariat entre les Collectivités locales et territoriales, les services de l’Etat, les CAUE, les APNE et les propriétaires privés volontaires ;
• Informer et sensibiliser le grand public ;
• Impliquer les propriétaires privés ou institutionnels dans la sauvegarde des chauves-souris en développant l’opération « Refuge pour les chauves-souris » ;
• Renforcer le réseau SOS chauves-souris.

2.     Description des actions

2.1.      Phase 1 (2016)

• Repérer l’ensemble des cavités souterraines, naturelles et artificielles afin d’organiser des comptages hivernaux simultanés à l’échelle régionale ;
• Échantillonner 10 sites d’importance dans la région (5 sites hivernaux et 5 sites estivaux) à raison de 50 prélèvements par site, soit 500 prélèvements par an ;
• Transponder 500 individus ;
• Poursuivre la déclinaison à l’échelle régionale de l’opération « Refuges pour les chauves-souris » ;
• Réaliser des animations (conférences et sorties nocturnes à la découverte des chauves-souris) sur des communes cibles ;
• Réaliser des animations auprès de la profession agricole ;
• Renforcer le réseau SOS chauves-souris (articles de presse et émissions de radio) ;
• Diffuser des plaquettes d’information sur les chauves-souris, notamment auprès des professionnels du bâtiment et de la profession agricole ;
• Réaliser une plaquette sur le Grand rhinolophe ;
• Former les bénévoles.

2.2.      Phase 2 (2017)

• Prospecter l’ensemble des cavités souterraines, naturelles et artificielles en hiver, lors de comptages simultanés à l’échelle régionale ;
• Échantillonner 10 sites d’importance dans la région (5 sites hivernaux et 5 sites estivaux) à raison de 50 prélèvements par site, soit 500 prélèvements par an ;
• Poursuivre la déclinaison à l’échelle régionale de l’opération « Refuges pour les chauves-souris » ;
• Réaliser des animations auprès de la profession agricole ;
• Renforcer le réseau SOS chauves-souris (articles de presse et émissions de radio) ;
• Diffuser des plaquettes d’information sur les chauves-souris, notamment auprès des professionnels du bâtiment et de la profession agricole ;
• Former les bénévoles.

2.3.      Phase 3 (2018)

• Prospecter l’ensemble des cavités souterraines, naturelles et artificielles en hiver, lors de comptages simultanés à l’échelle régionale ;
• Échantillonner 10 sites d’importance dans la région (5 sites hivernaux et 5 sites estivaux) à raison de 50 prélèvements par site, soit 500 prélèvements par an ;
• Poursuivre la déclinaison à l’échelle régionale de l’opération « Refuges pour les chauves-souris » ;
• Réaliser des animations (conférences et sorties nocturnes à la découverte des chauves-souris) sur des communes cibles ;
• Réaliser des animations auprès de la profession agricole ;
• Renforcer le réseau SOS chauves-souris (articles de presse et émissions de radio) ;
• Diffuser des plaquettes d’information sur les chauves-souris, notamment auprès des professionnels du bâtiment et de la profession agricole ;
• Former les bénévoles.

3.     Partenaires techniques

• Charente Nature, Nature Environnement 17 (coordination technique régionale), Ligue pour la Protection des Oiseaux, Deux-Sèvres Nature Environnement, Vienne Nature, associations membres de Poitou-Charentes Nature réalisant ce programme sur le terrain avec leur salariés et leurs dizaines de  bénévoles
• LBBE, LabEx ECOFECT – Université de Lyon 1 – Claude Bernard
• LabEx CEMEB – CBGP/INRA – Montpellier
• Chrono-Environnement – Besançon
• CEBC/CNRS – Villiers-en-Bois
• Conservatoire d’Espaces Naturels de Poitou-Charentes
• SFEPM
• Comité régional de spéléologie

4.     Résultats

Retrouvez ici la note de synthèse pour l’année 2016

Téléchargez ici le rapport d’activités complet pour l’année 2017

Téléchargez ici le rapport d’activités complet synthétisant les résultats des 3 années, de 2016 à mars 2019

Autres articles édités par les partenaires du programme, jusqu’à janvier 2021 :

• Galan M, Pons J-B, Tournayre O, et al. Metabarcoding for the parallel identification of several hundred predators and their prey: Application to bat species diet analysis. Mol Ecol Resour. 2018;00:1–16. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12749
• Tournayre O. 2018. Zoom sur l’ADN des chauves-souris et de leurs proies contenues dans le guano. Plume de Naturalistes 2 : 125-130.
• Pinaud D, Claireau F, Leuchtmann M, Kerbiriou C. 2018. Comment modéliser les connectivités écologiques pour les chauves-souris ? Une étude à application directe sur le terrain, pour identifier, protéger ou restaurer les corridors autour des colonies. Plume de Naturalistes 2 : 125-130.
• Pinaud D, Claireau F, Leuchtmann M, Kerbiriou C. 2018. Modelling landscape connectivity for greater horseshoe bat using an empirical quantification of resistance. 2018 The Authors. Journal of Applied Ecology. 2018 : 1-12
• Jacquet S, Pons J-B, De Bernardo A, Ngoubangoye B, Cosset F-L, Régis C, Etienne L, Pontier D. 2019. Evolution of hepatitis B virus receptor NTCP reveals differential pathogenicities and species specificities of hepadnaviruses in primates, rodents, and bats. J Virol 93:e01738-18. https://doi.org/10.1128/JVI.01738-18.
• Tournayre O, Pons J‐B, Leuchtmann M, et al. Integrating population genetics to define conservation units from the core to the edge of Rhinolophus ferrumequinum western range. Ecol Evol. 2019; 9: 12272– 12290. https://doi.org/10.1002/ece3.5714
• Jacquet S, Pontier D and Etienne L (2020) Rapid Evolution of HERC6 and Duplication of a Chimeric HERC5/6 Gene in Rodents and Bats Suggest an Overlooked Role of HERCs in Mammalian Immunity. Front. Immunol. 11:605270. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.605270.
• Tournayre O, Leuchtmann M, Galan M, Trillat M, Piry S, Pinaud D, Filippi-Codaccioni O, Pontier D, Charbonnel N. 2020.  eDNA metabarcoding reveals a core and secondary diets of the greater horseshoe bat with strong spatio-temporal plasticity. Environmental DNA, Wiley, 2021, 3, pp.277-296. https://doi.org/10.1002/edn3.167
  

5.     Partenaires financiers